Evolution of foot-and-mouth disease virus intra-sample sequence diversity during serial transmission in bovine hosts

RNA virus populations within samples are highly heterogeneous, containing a large number of minority sequence variants which can potentially be transmitted to other susceptible hosts. Consequently, consensus genome sequences provide an incomplete picture of the within- and between-host viral evolutionary dynamics during transmission. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) is an RNA virus that can spread from primary sites of replication, via the systemic circulation, to found distinct sites of local infection at epithelial surfaces. Viral evolution in these different tissues occurs independently, each of them potentially providing a source of virus to seed subsequent transmission events. This study employed the Illumina Genome Analyzer platform to sequence 18 FMDV samples collected from a chain of sequentially infected cattle. These data generated snap-shots of the evolving viral population structures within different animals and tissues. Analyses of the mutation spectra revealed polymorphisms at frequencies >0.5% at between 21 and 146 sites across the genome for these samples, while 13 sites acquired mutations in excess of consensus frequency (50%). Analysis of polymorphism frequency revealed that a number of minority variants were transmitted during host-to-host infection events, while the size of the intra-host founder populations appeared to be smaller. These data indicate that viral population complexity is influenced by small intra-host bottlenecks and relatively large inter-host bottlenecks. The dynamics of minority variants are consistent with the actions of genetic drift rather than strong selection. These results provide novel insights into the evolution of FMDV that can be applied to reconstruct both intra- and inter-host transmission routes

Identification and localisation of chitinases induced in the roots of potato plants infected with the potato cyst nematode Globodera pallida

L'analyse par électro-transfert d'extraits provenant de racines de pomme de terre infestées par le nématode à kyste #Globodera pallida$ et leur marquage par un anticorps polyclonal contre les chitinases a révélé l'induction et l'augmentation de l'intensité de plusieurs bandes correspondant aux chitinases et ayant une masse moléculaire s'étageant de 18 à 80 kDa. L'immuno-marquage par l'anticorps de sections de racines infestées a démontré la localisation extracellulaire des chitinases et leur concentration dans le cortex, l'endoderme et le péricycle. Le rôle de ces chitinases dans le contexte de défense de la plante contre les attaques d'agents pathogènes est discuté. (Résumé d'auteur

The lipid content and fatty acid composition of hatched second stage juveniles of Globodera rostochiensis and G. pallida

Les juvéniles de deuxième stade (J2) de #Globodera rostochiensis$âgés d'un jour (éclos dans les diffusats de racines de pomme de terre) contiennent en moyenne 29,2$ en contiennent en moyenne 27,2%. Les lipides des J2 de #G. rostochiensis$J2 sont composés de 72,8$ J2 sont composés de 73,0% de lipides neutres, 13,2% d'acides gras libres et 13,8% de phospholipides. 77,4% des acides gras totaux de #G. rostochiensis$et 80,6$ sont insaturés. Les deux espèces présentent un profil d'acides gras similaire. Vingt acides gras ont été identifiés, allant de C14 à C22 ; les principales classes de lipides sont surtout composées d'acides gras en C20 (50-60%) et C18 (30-35%). Les trois acides gras les plus abondants caractérisés chez les deux espèces sont C20:4, C20:1 et C18:1, représentant à eux seuls plus de 60% du total. Les J2 de #G. rostochiensis$ récoltés toutes les 24 heures au cours des première et seconde semaines après l'exposition aux PRD, présentent la même composition en acides gras que les J2 récoltés toutes les 96 heures pendant les troisième et quatrième semaines. (Résumé d'auteur

Immunocytochemical studies on the occurence of gamma-aminobutyric acid in the nervous system of the nematodes Panagrellus redivivus, Meloidogyne incognita and Globodera rostochiensis

Un antisérum polyclonal a été utilisé en immunofluorescence indirecte pour démontrer la présence d'acide gamma-aminobutyrique - un inhibiteur possible de la transmission de l'influx nerveux aux muscles - chez #Panagrellus redevivus et chez les juvéniles de deuxième stade (J2) de #Meloidogyne incognita. Chez #P. redivivus, il a été observé une immunoréactivité, présumée GABA, dans la corde nerveuse dorsale, dans la corde ventrale ainsi que dans certaines cellules nerveuses et les commissures qui ceinturent le nématode entre les cordes nerveuses. Une immunoréactivité a été également observée autour du pharynx et dans l'anneau nerveux. Chez les J2 de #M. incognita, on a détecté cette immunoréactivité dans les nerfs et les cellules de la corde nerveuse ventrale. La coloration à l'immunogold après inclusion de J2 de #Globodera rostochiensis$ traités à l'osmium a montré une immunoréactivité, présumée GABA, dans les procès de neurones des cordes nerveuses ventrale et dorsale, et dans le cytoplasme et le noyau de certaines cellules de la corde ventrale. La position de ces neurones dans les cordes nerveuses indique qu'ils sont probablement des neurones moteur inhibiteurs. Dans l'anneau nerveux, l'immunoréactivité a été observée dans les procès neuronaux et dans un corps cellulaire, probablement le neurone moteur de l'anneau ventral. (Résumé d'auteur

Conformations of Gas-Phase Ions of Ubiquitin, Cytochrome c, Apomyoglobin, and β-Lactoglobulin Produced from Two Different Solution Conformations

At low pH in solutions of 50% methanol, proteins form expanded denatured states (the “H” state). In 90% methanol, proteins form expanded helical denatured states with artificial α-helices (the “Hc” state). Gas-phase ions of ubiquitin, cytochrome c, apomyoglobin, and native and disulfide-reduced β-lactoglobulin were formed by electrospray ionization (ESI) of the proteins from the H and Hc states in solution. Both states in solution produce the same charge states in ESI. The conformations of the ions were studied with cross section measurements and gas-phase H/D exchange experiments. The cross sections show that the ions retain considerable folded structure. For a given protein and given charge state, ions produced from the H and Hc states showed the same cross sections (within ∼1%). Ions of cytochrome c, apomyoglobin, and native and reduced β-lactoglobulin of a given charge state showed no differences in H/D exchange level when produced from the H or Hc state. However, ubiquitin ions produced from the Hc state consistently exchange fewer (∼13%) hydrogens than ions produced from the H state, suggesting that in this case the gas-phase protein ions retain some memory of their solution conformations

Effect of risedronate on joint structure and symptoms of knee osteoarthritis: results of the BRISK randomized, controlled trial [ISRCTN01928173]

To determine the efficacy and safety of risedronate in patients with knee osteoarthritis (OA), the British study of risedronate in structure and symptoms of knee OA (BRISK), a 1-year prospective, double-blind, placebo-controlled study, enrolled patients (40–80 years of age) with mild to moderate OA of the medial compartment of the knee. The primary aims were to detect differences in symptoms and function. Patients were randomized to once-daily risedronate (5 mg or 15 mg) or placebo. Radiographs were taken at baseline and 1 year for assessment of joint-space width using a standardized radiographic method with fluoroscopic positioning of the joint. Pain, function, and stiffness were assessed using the Western Ontario and McMaster Universities (WOMAC) OA index. The patient global assessment and use of walking aids were measured and bone and cartilage markers were assessed. The intention-to-treat population consisted of 284 patients. Those receiving risedronate at 15 mg showed improvement of the WOMAC index, particularly of physical function, significant improvement of the patient global assessment (P < 0.001), and decreased use of walking aids relative to patients receiving the placebo (P = 0.009). A trend towards attenuation of joint-space narrowing was observed in the group receiving 15 mg risedronate. Eight percent (n = 7) of patients receiving placebo and 4% (n = 4) of patients receiving 5 mg risedronate exhibited detectable progression of disease (joint-space width ≥ 25% or ≥ 0.75 mm) versus 1% (n = 1) of patients receiving 15 mg risedronate (P = 0.067). Risedronate (15 mg) significantly reduced markers of cartilage degradation and bone resorption. Both doses of risedronate were well tolerated. In this study, clear trends towards improvement were observed in both joint structure and symptoms in patients with primary knee OA treated with risedronate

Molecular diversity amongst Radopholus similis populations from Sri Lanka detected by RAPD analysis

La réaction de polymérase en chaîne (RAPD) a été utilisée pour comparer l'ADN de quatorze populations de #Radopholus similis provenant de différentes plantes hôtes et de régions variées du Sri Lanka, ainsi que l'ADN d'une nouvelle espèce de #Radopholus originaire de l'est de Java. Quatre populations isolées d'aréquier, théier, bananier et citrus semblent très différentes d'après leur profil de RAPD. L'analyse hiérarchisée des groupes des données obtenus d'après les profils de RAPD a permis un essai de regroupement des quinze populations en trois groupes et a montré l'éloignement de trois isolats demeurant jusqu'à maintenant monotypiques. Les résultats sont examinés dans le contexte de l'existence de biotypes de #R. similis$ et de leur divergence génétique au Sri Lanka. (Résumé d'auteur